Mundur dari Liga Super dan bergabung ke Liga Primer

Pada tahun 2011, Persema menyatakan keluar dari Liga Super Indonesia, kompetisi tertinggi yang diselenggarakan PSSI, dan bergabung dengan Liga Primer Indonesia. Persema tidak bergeming meski PSSI mengancam menjatuhkan hukuman yang berat.Bahkan pemain bintang mereka Irfan Bachdim dan Kim Jeffrey Kurniawan terancam meninggalkan Persema karena ancaman tidak dapat memperkuat timnas, meski akhirnya tidak menjadi kenyataan karena keduanya memilih berkomitmen dengan Persema dengan menandatangani kontrak selama tiga tahun, dan hak memperkuat timnas dijamin oleh Menpora. Persema beralasan kepindahan mereka disebabkan mereka sering diteror oleh PSSI^.